马云在阿里巴巴创业初期的持股比例及相关信息如下：

一、1999年创立时的股权结构

初始股权分配

1999年阿里巴巴由18名创始人共同创立，初始资金80万美元。当时马云持股 40%，其他创始人共持有 60%的股权，对应约13.4%的公司股份。

软银集团早期投资

同期，日本软银集团以23.4万美元投资，占股约29.4%。

二、股权稀释后的变化

持续融资与股权稀释

随着公司多次融资，股权结构不断调整。例如：

- 2019年上市前，马云持股降至 6.4%，蔡崇信持股3.6%，软银集团持股29.4%；

- 2020年7月，马云进一步减持至 4.8%，蔡崇信持股1.6%，软银集团持股24.9%。

控制权保障机制

马云通过成立杭州云铂等有限合伙公司，采用 一致行动人协议，确保即使持股比例下降仍保持控制权。例如在蚂蚁集团，他虽仅持股29.8%，但凭借50%的表决权成为实际控制人。

三、当前股权概况（2025年）

截至2025年1月，马云在阿里巴巴的持股比例约为 6.4%，为最大个人股东，但已降至历史低位。其通过合伙人制度仍保持对公司的战略影响力。